Batman, Batgirl et Robin forment une alliance avec les Tortues Ninja pour affronter Shredder qui s'est apparemment joint à Ra's al Ghul et sa Ligue des Assassins, afin de pouvoir prendre le contrôle de la ville.
Cela fait cinq ans que tout était génial et les citoyens font face à une nouvelle menace énorme : les Duplo envahissent l'espace, détruisant tout plus vite qu'ils ne peuvent reconstruire.
L'histoire se déroule en 1981, à Gotham City. Arthur Fleck travaille dans une agence de clowns. Méprisé et incompris par ceux qui lui font face, il mène une morne vie en marge de la société et habite dans un immeuble miteux avec sa mère Penny. Un soir, il se fait agresser dans le métro par trois hommes alcoolisés qui le brutalisent, le poussant à les tuer en retour. Son geste inspire à une partie de la population l'idée de s'en prendre eux aussi aux puissants ; Arthur bascule peu à peu dans la folie et finit par devenir le Joker, un dangereux tueur psychopathe victime d'hallucinations.
Alors que Bruce Wayne et Selina Kyle (et leurs alter égo, Batman et Catwoman) entament une relation amoureuse, un nouvel ennemi apparait; un ennemi qui a manipulé des criminels aussi puissants que Bane, Poison Ivy, L'Épouvantail, Gueule d'argile, Harley Quinn ou encore le Joker; un ennemi qui a découvert la véritable identité de Batman et tous ses secrets; un ennemi qui a un plan pour détruire le justicier, ses proches et ses alliés définitivement: Silence...
Dans une version alternative et victorienne de Gotham City à la fin du 19 siècle, Batman initie sa guerre contre le crime alors qu'il enquête sur une nouvelle série de meurtres commis par Jack l'Éventreur.
Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
Parvenant toujours à sauver Gotham City des attaques des super-vilains, Batman est devenu arrogant pour mieux cacher sa profonde solitude. Vexé, le Joker se laisse enfermer à l’asile d'Arkham. Mais Batman comme Barbara Gordon, la nouvelle commissaire de la ville, soupçonnent un plan caché. Le Joker cherche à rejoindre la zone fantôme pour s'allier avec les pires méchants. Batman en cherchant bien faire qui l'y envoie avec l'aide de Robin. Le Joker parvient à s'échapper de la zone fantôme à la tête d'une armée des pires méchants. Batman devra travailler en équipe pour sauver Gotham.
La Ligue de justice d'Amérique est contrainte de faire appel aux services spécifiques de John Constantine et de ses camarades spécialistes de l'occultisme pour contrer une importante menace d'invasion.
Alimenté par sa foi restaurée en l’humanité et inspiré par le sacrifice de Superman, Batman constate l'arrivée d'éclaireurs extraterrestres — appelés "Paradémons" et attirés par la peur de leurs victimes — et comprend que l'attaque majeure prophétisée par Lex Luthor (dans le film Batman v Superman : L'Aube de la justice) est imminente, or Superman est mort et ne peut plus protéger l'humanité. Conscient de ses propres limites, il contacte Diana Prince/Wonder Woman et tente de former avec elle une ligue de super-héros. Il part retrouver Arthur Curry, dit Aquaman, qui habite à Atlantis, tandis que Diana va approcher Victor Stone, footballeur devenu à moitié machine après un accident et capable d'influer sur les technologies, mais les deux hommes refusent de les aider. Barry Allen, jeune homme doté de super-vitesse, accepte avec enthousiasme l'offre de Bruce Wayne.
Batman et Robin sont invités à une démonstration très secrète animée par le professeur Hugo Strange et son assistant, le Dr Harleen Quinzel, qui pourrait éventuellement changer à jamais le futur de Gotham. En cours de route, Batman s'arrête au pénitencier d'État de Gotham pour rendre visite à Catwoman (dont la tentative de suicide du premier film a échoué) pour lui remettre un livre de poésie d'Elizabeth Barrett Browning. C'est quelque chose qui la tiendra occupée pendant les 36 prochains mois de sa vie jusqu'à ce qu'elle soit définitivement libérée de prison. Au laboratoire, ils rencontrent le procureur et allié de Bruce Wayne dans la guerre contre le crime Harvey Dent, célèbre pour avoir arrêté un gang de contrefacteurs de pièces tout en conservant un quartier à deux faces en souvenir de l'affaire.
When Batman is missing, Dick Grayson and Damian Wayne try to protect Gotham City. Two new people, Batwoman and Batwing also help discover Batman's disappearance.
À Gotham City, les quatre plus grands criminels (le Joker, le Pingouin, le Sphinx et Catwoman) font peser une terrible menace. Les super-héros Batman et Robin vont faire face à ces méchants et devront même aller dans l’espace pour contrecarrer le plan diabolique de leurs ennemis.
Mister Freeze et Le Pingouin sont de retour à Gotham City. Après avoir réfrigéré la ville, le scientifique transforme Bane et Killer Croc en monstres géants dévastant tout sur leur passage. Afin de les combattre, Bruce Wayne élabore un robot géant de Batman et le combat commence. Dans sa quête pour ramener la paix, le super héros sera suivi dans son affrontement par Robin, Green Arrow, Nightwing et Flash.