Le territoire est sous dictature militaire. Les fermiers voient leurs biens saisis et les villageois sont utilisés comme esclaves. Zorro est le seul à oser s'opposer à l'armée et il a juré de restaurer l'ordre et de libérer les opprimés. Cependant, pour la plupart, Zorro est un mythe.
Le Docteur Kracken, un scientifique fou, cherche le secret de la vie éternelle. Il découvre un squelette animé parlant qui s'avère être la sorcière déjà aperçue dans le film précédent. Kracken l'aide à ranimer son monstrueux fils et cherche un moyen pour lui rendre son corps. Pour leurs expériences, ils envoient le monstre enlever de jeunes femmes.
Luis et son compagnon de voyage Pascual arrivent dans un village où se déroule l'exécution publique de Tomás García. Celui-ci est pendu pour meurtre. Alors que son corps est laissé exposé pour servir d'exemple, il est volé durant la nuit par sa mère. Sorcière, elle utilise la magie pour ressusciter son fils. Revenu sous une apparence monstrueuse et contrôlé par sa mère, le zombie s'attaque à tous ceux qui ont participé à sa mort. Les victimes sont retrouvées étranglées par un foulard ou une corde de pendaison.
Le Zorro écarlate doit affronter trois mystères : une diligence qui disparaît, la mort de propriétaires terriens et un peuple terrifié par le maléfique El Látigo.