L'histoire commence avec une vieille grand-mère racontant à ses deux petites-filles l'histoire de la petite sirène. Malgré leur jeune âge, les filles ne croient pas à l'histoire, jusqu'à ce que leur grand-mère leur raconte une histoire. Il y a de nombreuses années, un jeune journaliste du nom de Cam Harrison qui n'avait pas réussi à gagner sa vie part à la recherche d'une bonne histoire en compagnie de sa plus jeune sœur, Elle. Là, ils vont au cirque et rencontrent une belle sirène piégée dans un réservoir de verre. Ils sont encore plus surpris quand la sirène apparaît devant eux comme une jeune femme avec des jambes. Le duo apprend vite d'une prophétie à propos d'une petite fille née sur terre, bénie du coeur d'une sirène. Avec cette prophétie venue à la vie dans Elle, ils sont de plus enchevêtrés dans un complot sinistre d'un sorcier qui souhaite garder l'âme de la sirène et la convertir au pouvoir.
Ken et Rachel accompagnés de Marco aperçoivent un naufragé alors qu'ils sont en mer près d'une île. Ils le recueillent mais celui-ci tient des propos incompréhensibles et finit par succomber. La radio du bord ne fonctionne plus, les téléphones portables non plus et le bateau tombe en panne. Ils décident d'enterrer l'homme sur l'île, mais c'est alors qu’apparaît Silka, une jeune femme amnésique qui tente de séduire tout le monde et qui chante une énigmatique chanson semblant donner des hallucinations à ceux qui l'écoutent
L'histoire se déroule quatre ans après le film. Allen Bauer et sa femme Madison (une sirène) vivent sur île déserte méconnue. Allen s'ennuie : Freddie, son frère et la vie new-yorkaise lui manquent. Madison a un pouvoir hydrokinétique qui lui permet de voir et de communiquer à distance en traçant un cercle à la surface de l'eau. Consciente de la tristesse d'Allen, elle lui montre ce qui se passe à New-York. Allen réalise alors que l'entreprise familiale qu'il a laissée à son frère est en fâcheuse posture. Il décide alors de retourner à la civilisation (ce qui contredit la fin du film de 1984, où l'on apprenait que si Allen choisissait la mer, il ne pourrait jamais revenir).
Asmara is in love with Sanusi, but told to marry Harun. Unknown to her, Harun is already in a romantic relationship with Emi. As a means of escape, Asmara imagines herself to be a mermaid. Meanwhile, Sanusi must face bandits.
The story is centered on creatures fighting for power in the deep and unknow 80% of Earth's water also known as Oceans. Mermaids reign as the protectors of the Oceans since the creation of Earth but Peace is ruined by betrayal and dark spirits of the deeps: the Reptils.