Le film montre les douze travaux d'Hercule sous forme de personnages de papier découpé inspirés par le théâtre de marionnettes. Les personnages sont dessinés en noir et blanc dans des graphismes inspirés par la céramique grecque antique.
Hélène, reine de Sparte, s'ennuie, son mari Ménélas lui montrant peu d'intérêt. Elle s'enfuit à Troie avec Pâris. Ménélas déclare alors la guerre à Troie. Après la victoire, Hélène revient à Sparte. La coutume voudrait que son mari la tue lui-même, mais son charme opère et il la laisse en vie. Toutefois il ne s'occupe pas plus d'elle qu'auparavant et Hélène flirte avec le prince d'Ithaque.
In ancient times after defeating their predecessors, the Titans, the gods divided the Universe among themselves. Zeus took the skies, Poseidon took the seas, and Hades was left with the Underworld upon being tricked by Zeus. The gods created the mortals, whose faith and prayers assured the gods' immortality. As time passed, however, mortals began to question them and soon resist their creators, angering the Olympians.
In the summer of 2006, Percy recounts the story of Thalia and her sacrifice. A young Annabeth, Luke, Grover and Thalia are running to Camp Half-Blood while being pursued by monsters. Thalia sacrifices herself to get the others into the camp, and her father Zeus transforms her into a pine tree, creating a magical border around the camp. Soon a Cyclops passes through the border and is revealed to be Tyson, Percy's half-brother. The camp is later attacked by a Colchis Bull who breaks through the border and ravages Camp Half-Blood. Percy defeats it with the help of Tyson, Annabeth, and Clarisse. Following this, Luke Castellan (who had survived his and Percy's battle in the previous film) appears and confronts Percy, trying to convert him to his cause. When Percy refuses, Luke disappears.
Perseus (Sam Worthington), a son of Zeus (Liam Neeson), lives as a fisherman after the death of his wife, Io (portrayed by Gemma Arterton in the previous film), with his young son, Helius (John Bell). Zeus visits Perseus and asks for his help, saying that humans are not praying to the gods and as a result the gods are losing their power and becoming mortal. Perseus realizes the walls of Tartarus are crumbling and Zeus informs him that the imprisoned Titan Kronos will soon be free. Perseus, valuing his family's safety, refuses to get involved.
Ulysse approche de la grotte du cyclope Polyphème. Fatigué, il s’endort devant. Des nymphes musiciennes sortent alors de la grotte, jouent de la musique et jettent des fleurs sur le héros endormi. Calypso arrive, le réveille, alors que les jeunes filles s’éclipsent. Elle l’attire devant la grotte, puis disparaît, laissant la place à la main du cyclope qui essaie d’attraper Ulysse. Le géant sort ensuite sa tête et le héros lui transperce son seul œil avec une lance. Ulysse part alors, Calypso tente en vain de le retenir et pleure au milieu de ses amies.
Long after Zeus stole the Cronus Stone from the monsters called the Titans, he and Alcmene gave birth to a son named Hercules, who defeated two serpents (presumably sent by a jealous Hera) at a young age and became a hero. After Hercules battles a sea serpent, the villagers thank him, and Iolaus climbs out of a restchair and joins him. Hercules and Iolaus head to Thebes to see Alcmene but Iolaus is a little upset because Hercules takes the credit. Meanwhile, Xena and Gabrielle reclaim the gold stolen by satyrs from a group of travelers in Corinth. Ares tells Xena to stop Hercules from going to Thebes because there is a trap set for him there, but Xena doesn't believe him and leaves with Gabrielle.
Méduse a perdu la mémoire, victime d'un sort que lui a jeté sa sœur Euryale. Elle erre dans des lieux dont elle se souvient par bribes et finit par arriver au Théâtre du Grand Guignol, où se cachent Euryale devenue aveugle et Sthéno, la plus jeune des trois gorgones, réduite à l'état animal. Le gardien du théâtre et le collectionneur vont assister au dernier combat des deux sœurs. Sthéno, seule survivante, recouvre la parole et s'installe dans les sous-sols du Cimetière du Père-Lachaise. Mais elle s'ennuie et se prend d’amitié pour Cornelius, une jeune promeneuse.
Après avoir affronté le lion de Némée qui terrorisait la région, Hercule s'embarque avec Jason à la recherche de la Toison d'or pour permettre à ce dernier de reconquérir le trône de Thessalie.
In Milan, a major theater entrepreneur's going to put on a show period piece set in the era of mythological Greece. However, by a lucky accident, the company of actors and the entrepreneur himself are catapulted back in time just at the time of invincible warriors and heroes of Homer and Hesiod. Now we learn that the king Eurystheus need to drive to Hercules, the invincible hero, able to defeat his arch enemy Maciste, who wants to kidnap his girlfriend Deianira.
Le colosse Ursus, de retour chez lui après avoir livré bataille, découvre que sa fiancée Attea a été déportée sur une île lointaine par des prêtres païens. Il part à sa recherche avec Doreide, une esclave aveugle qui devine qu'Attea a été enlevée par Setas, un ancien ami d'Ursus. Ce dernier se met en travers de leur chemin et capture Ursus qui arrive à briser ses liens et réussit à s'enfuir avec Doreide. Ils rencontrent la belle courtisane Magali qui se propose de les aider à traverser une zone désertique. Magali essaie de séduire Ursus et, ulcérée par son refus, tente de le piéger avec la complicité de Setas, mais elle meurt dans leur affrontement dont Ursus et Doreide sortent victorieux. Le couple arrive enfin dans l'île et découvre qu'Attea, soumise à l'emprise maléfique de Setas, est devenue la malfaisante prêtresse de l'île. Ursus essaie sans succès de la soustraire au pouvoir occulte de Setas et se retrouve dans une arène pour combattre un monstrueux taureau qu'il finit par tuer. Ursus dresse alors une révolte au cours de laquelle Attea et Setas trouvent la mort tandis que Doreide recouvre la vue à la suite d'une violente commotion. Elle s'embarque avec Ursus sur le chemin du retour.