Batman et Robin sont invités à une démonstration très secrète animée par le professeur Hugo Strange et son assistant, le Dr Harleen Quinzel, qui pourrait éventuellement changer à jamais le futur de Gotham. En cours de route, Batman s'arrête au pénitencier d'État de Gotham pour rendre visite à Catwoman (dont la tentative de suicide du premier film a échoué) pour lui remettre un livre de poésie d'Elizabeth Barrett Browning. C'est quelque chose qui la tiendra occupée pendant les 36 prochains mois de sa vie jusqu'à ce qu'elle soit définitivement libérée de prison. Au laboratoire, ils rencontrent le procureur et allié de Bruce Wayne dans la guerre contre le crime Harvey Dent, célèbre pour avoir arrêté un gang de contrefacteurs de pièces tout en conservant un quartier à deux faces en souvenir de l'affaire.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
Batman and Robin struggle against Dr. Daka, a Japanese scientist and agent of Hirohito who has invented a device that turns people into pseudo-zombies and has a base in a funhouse of horrors in a Japanese area of the city. Daka makes several attempts to defeat the Dynamic Duo before finally falling to his death when Robin hits the wrong switch, opening a trapdoor to a pit of crocodiles.
Alimenté par sa foi restaurée en l’humanité et inspiré par le sacrifice de Superman, Batman constate l'arrivée d'éclaireurs extraterrestres — appelés "Paradémons" et attirés par la peur de leurs victimes — et comprend que l'attaque majeure prophétisée par Lex Luthor (dans le film Batman v Superman : L'Aube de la justice) est imminente, or Superman est mort et ne peut plus protéger l'humanité. Conscient de ses propres limites, il contacte Diana Prince/Wonder Woman et tente de former avec elle une ligue de super-héros. Il part retrouver Arthur Curry, dit Aquaman, qui habite à Atlantis, tandis que Diana va approcher Victor Stone, footballeur devenu à moitié machine après un accident et capable d'influer sur les technologies, mais les deux hommes refusent de les aider. Barry Allen, jeune homme doté de super-vitesse, accepte avec enthousiasme l'offre de Bruce Wayne.
Superman’s clone Bizarro has become an embarrassing problem. Chaos and destruction follow Bizarro everywhere as he always hears the opposite of what is said, says the opposite of what he means and does the opposite of what is right. And when the citizens of Metropolis keep confusing Bizarro with Superman, the Man of Steel decides it’s time to find a new home for him....on another planet! It’s up to the Justice League to come to terms with their backward counterparts and team up with them to stop Darkseid and save the galaxy!
Mister Freeze et Le Pingouin sont de retour à Gotham City. Après avoir réfrigéré la ville, le scientifique transforme Bane et Killer Croc en monstres géants dévastant tout sur leur passage. Afin de les combattre, Bruce Wayne élabore un robot géant de Batman et le combat commence. Dans sa quête pour ramener la paix, le super héros sera suivi dans son affrontement par Robin, Green Arrow, Nightwing et Flash.
The Dynamic Duo face off against the Wizard, a hooded villain with an electrical device which controls cars and a desire to set challenges for the Dynamic Duo, whose identity remains a mystery throughout until the end.
In the present day, Lex Luthor and his Legion of Doom try to use cryogenic rays from orbital satellites to expand the Earth's polar ice caps in the Arctic Ocean, causing a massive drop in sea levels and creating new islands they intend to rule. Superman and the Justice League confront the Legion, dividing their forces to fight the Legion and destroy the satellites. In the ensuing space battle, Robin purposely crashes his spacecraft into the satellite array. Refusing to accept defeat, Captain Cold overloads the remaining satellite, which falls back to Earth and entombs Luthor in an ice sheet shortly before the satellite explodes. The League is triumphant and believes Luthor to be dead.
When Gotham is plagued by crime committed by an animal-themed villain squad composed of The Penguin, Silverback, Cheetah, Killer Croc and Man-Bat, Batman and other heroes band together to stop them.
It’s Halloween night in Gotham City and Scarecrow, Clayface, Silver Banshee and Solomon Grundy have hit the streets to stir up trouble! Batman is on the trail of the city’s spookiest villains while, further complicating matters, the clown prince of crime himself, The Joker, is ruling over this mysterious crew of misfit criminals. It’s up to the Dark Knight to stop this gruesome gang before they unleash “digital laughter,” a computer virus that’s part of a diabolical plan to jeopardize all of Gotham City’s vital technology. Batman, Green Arrow, Cyborg, Nightwing and Red Robin must combine forces to battle these baddies and save the city.
Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
In Gotham City, Batman stops a hostage situation in a bank caused by Two-Face, the alter ego of the disfigured former district attorney, Harvey Dent. However, Two-Face escapes. Edward Nygma, a researcher at Wayne Enterprises, develops a device to beam television directly to a person's brain; Bruce Wayne—with whom Nygma is obsessed—rejects the invention, noting that it "raises too many questions", and Nygma angrily resigns from his position after killing his supervisor Fred Stickley, and forging his suicide note and footage. Everybody except Bruce is convinced it was a genuine suicide. During a news report, it shows how Harvey Dent became Two-Face: While he was prosecuting Sal Maroni, Maroni threw acid in Harvey's face; Batman tried to stop him but failed. After meeting Batman-obsessed psychiatrist Dr. Chase Meridian, Bruce invites her to a charity circus event. There, Two-Face and his henchmen storm the event in an attempt to discover Batman's secret identity, and in the process murder The Flying Graysons, a family of acrobats who attempt to stop him. The youngest member, Dick, survives and throws Two-Face's bomb into the river to detonate safely underwater but the rest of the family dies.
When Judge Maria Vargas is found dead by Mayor Flutie, Batman and Robin must find out who is behind the murder. Once they find out who it is, the duo face the likes of Two-Face and Mr. Freeze before they take on The Penguin in an all-out fight of good versus evil. But when The Penguin finds something out he shouldn't have, the future of Batman and Robin becomes uncertain.