Six mois après la mort de Superman après avoir vaincu Doomsday, quatre nouvelles versions du héros apparaissent: Superboy, Steel, Cyborg, Superman et Eradicator. Chacun d'entre eux est différent dans sa personnalité et son style de combat du crime par rapport à Superman, laissant le monde entier se demander lequel est le vrai Superman. Lois Lane, encore sous le choc de la mort de Clark, décide de mener une enquête. Lex Luthor tient une conférence de presse présentant Superboy comme le véritable Superman, sponsorisé et financé par LexCorp. Lois assiste à la conférence avec Steel et se faufile dans l'un des laboratoires de LexCorp. Là, Lois apprend du scientifique Dabney Donovan que Superboy est un clone de Superman. Soudainement, la conférence est attaquée par l'éradicateur, qui cherche à "éradiquer" Luthor. Superboy et plus tard Steel tentent de l'arrêter, mais sont vaincus jusqu'à l'arrivée à temps de Cyborg Superman, qui se bat et chasse Eradicator. Beaucoup le voient comme le vrai Superman, provoquant la colère de Luthor. Lois écrit un exposé révélant que Superboy est un clone et demande si tous les Supermen sont des faux. Cela conduit à une rencontre entre elle et Cyborg Superman, lui disant qu'elle sait qu'il n'est pas le Superman qu'elle a connu et aimé.
Deadpool se voit contraint de rejoindre les X-Men : après une tentative ratée de sauver un jeune mutant au pouvoir destructeur, il se retrouve dans une prison anti-mutants. Arrive Cable, un soldat venant du futur et ayant pour cible le jeune mutant, en quête de vengeance. Deadpool décide de le combattre. Peu convaincu par les règles des X-Men, il crée sa propre équipe, la « X-Force ». Mais cette mission lui réserve de grosses surprises, des ennemis de taille et des alliés indispensables.
Arthur, alias Aquaman, est un super-héros dont l'univers de prédilection est le monde aquatique. Préférant vivre dans le monde des humains à la surface, il va être entrainé dans une aventure afin de devenir le roi des océans.
Lors d'une expédition d'exploration, un vaisseau spatial de la Life Foundation retourne sur Terre avec à son bord quatre échantillons de symbiotes extraterrestres. Mais durant l'entrée dans l'atmosphère terrestre, le vaisseau connaît une avarie et s'écrase dans l'est de la Malaisie. Depuis son immense complexe à San Francisco, le savant Carlton Drake, puissant et mystérieux PDG de la fondation, gère les opérations. Il parvient à faire rapatrier trois des quatre échantillons. Le quatrième s'est enfui en prenant possession d'un corps.
Après avoir participé à l'affrontement entre Iron Man et Captain America, le prince T'Challa retourne chez lui dans la nation africaine reculée et technologiquement avancée du Wakanda, pour servir son pays en tant que nouveau roi. Cependant, le pouvoir de T'Challa va bientôt être défié par des membres de son propre pays. Quand deux ennemis conspirent pour détruire le Wakanda, la Panthère noire doit s'allier à l'agent de la CIA Everett K. Ross et aux membres du Dora Milaje, les forces spéciales du Wakanda, pour éviter que le pays ne soit emporté dans un conflit mondial.
Suite aux événements survenus dans Captain America: Civil War, Scott Lang doit trouver le bon équilibre entre sa vie de super-héros et celle de père de famille. C'est alors qu'il est contacté par le Dr Hank Pym et sa fille Hope van Dyne qui le chargent d'une nouvelle mission. Ant-Man, cette fois-ci aidé de la Guêpe, est confronté à un nouvel ennemi : le Fantôme.
Doomsday, monstre provenant de l'espace, atterrit sur Terre à bord d'une météorite. Écrasant la totalité de la Ligue des Justiciers avec une déconcertante facilité, Superman se voit devenir le seul être capable de venir à bout de la créature. Seul son courage et sa détermination viendront à bout de la créature extraterrestre, y compris le sacrifice si cela s'avère être la seule solution possible.
Dans une version alternative et victorienne de Gotham City à la fin du 19 siècle, Batman initie sa guerre contre le crime alors qu'il enquête sur une nouvelle série de meurtres commis par Jack l'Éventreur.
Spider-Man : New Generation présente Miles Morales, un adolescent vivant à Brooklyn, et révèle les possibilités illimitées du Spider-Verse, un univers où plus d’un peut porter le masque…
Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
Père adoptif de Gamora et Nébula, Thanos a commencé à recueillir les six Pierres d'Infinité : la Pierre du Pouvoir, la Pierre de l'Espace, la Pierre de Réalité, la Pierre de l'Âme, la Pierre du Temps et la Pierre de l'Esprit. Son objectif est de réunir ces six gemmes sur un gantelet doré, forgé par le nain Eitri sur Nidavellir, afin d'utiliser leur immense puissance pour détruire la moitié de la population de l'Univers et rétablir ainsi un certain équilibre. Dans sa quête le menant sur diverses planètes, la Terre, Knowhere et Vormir, Thanos est aidé par ses enfants adoptifs : Ebony Maw , Cull Obsidian , Corvus Glaive et Proxima Midnight . Face à cette nouvelle menace qui concerne l'Univers entier, le groupe de super-héros des Avengers, divisé depuis 2 ans, doit se reformer, et s'associer au Docteur Strange, aux Gardiens de la Galaxie et au peuple du Wakanda.
Après leurs premières aventures durant lesquelles ils ont affronté Ronan l'Accusateur, les Gardiens de la Galaxie voyagent de planète en planète et vendent leurs services. Ils vont découvrir la mystérieuse filiation de Star-Lord.
Vivant à Paris où elle travaille au musée du Louvre, Diana Prince reçoit de la part de Bruce Wayne une photographie la montrant au front lors de la Première Guerre mondiale aux côtés de Steve Trevor et ses amis. Elle se remémore alors sa jeunesse sur l'île de Themyscira, parmi les Amazones, qu'elle a quittée pour affronter Arès, le dieu de la guerre, et devenir Wonder Woman.
Parvenant toujours à sauver Gotham City des attaques des super-vilains, Batman est devenu arrogant pour mieux cacher sa profonde solitude. Vexé, le Joker se laisse enfermer à l’asile d'Arkham. Mais Batman comme Barbara Gordon, la nouvelle commissaire de la ville, soupçonnent un plan caché. Le Joker cherche à rejoindre la zone fantôme pour s'allier avec les pires méchants. Batman en cherchant bien faire qui l'y envoie avec l'aide de Robin. Le Joker parvient à s'échapper de la zone fantôme à la tête d'une armée des pires méchants. Batman devra travailler en équipe pour sauver Gotham.